[1]. Chromosome-level genome assembly of the Gerbera (Gerbera hybrida) using HiFi long-read and Hi-C technologies.
DNA Res. 33/1 1-12 (2026) [Refereed] refereed [Internationally co-authored papers] non-internationally co-authored paper
[Lead author or co-author] co-author
[Author] Aoyagi YB, Shimada R, Hirakawa H, Toyoda A, Toh H, Isobe S, Tajima N, Shirasawa K, Horiike T, Fujii H, Fujiwara T, Bamba M, Nakatsuka T, Tominaga A. [DOI]
[2]. AlleleMiner: a long-read pipeline for gene-wise de novo allele phasing and variant detection in diploid citrus cultivars.
DNA Res. 33/2 1-16 (2026) [Refereed] refereed [Internationally co-authored papers] non-internationally co-authored paper
[Lead author or co-author] co-author
[Author] Kiryu Y, Kawahara Y, Endo T, Horiike T, Shirasawa K, Isobe S, Shimada T, Fujii H. [DOI]
[3]. Influence of long-branch bias on phylogenetic analysis.
Genes Genet Syst. 100/24 1-9 (2025) [Refereed] refereed [Internationally co-authored papers] non-internationally co-authored paper
[Lead author or co-author] author
[Author] Watanabe T, Nakata S, Horiike T. [DOI]
[4].
61/6 257-259 (2023) [Refereed] refereed [Internationally co-authored papers] non-internationally co-authored paper
[Lead author or co-author] author
[Author] 堀池徳祐、渡邊知輝
[5]. OrthoPhy: A program to construct ortholog datasets using taxonomic information
Genome Biology and Evolution 15/3 1-16 (2023) [Refereed] refereed [Internationally co-authored papers] non-internationally co-authored paper
[Lead author or co-author] author
[Author] Tomoaki Watanabe, Akinori Kure, Tokumasa Horiike [DOI]
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[1]. CELLULAR ORIGIN AND LIFE IN EXTREME HABITATS (Volume 3: Symbiosis, Nucleus Symbiosis Hypothesis Formation of Eukaryotic Cell Nuclei by the Symbiosis of Archaea in Bacteria)
Springer （2004）
[Book type]book(research)
[Sole author, co-author, or author and editor] joint work
[Author]篠澤 隆雄,堀池 徳祐,濱田 一男
[2].
（1999）
[Book type]book(research)
[Sole author, co-author, or author and editor] joint work
[Author]篠澤 隆雄,堀池 徳祐,,濱田 一男
[Notes] 第三章「生体システムの振る舞い」の一部で多細胞共生説について紹介した。
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[1]. AlleleMiner: 遺伝子配列のフェージングおよび変異検出解析ツール
園芸学会令和8年度春季大会 （2026/3/） other
[Presenter]桐生適誠、川原善浩、遠藤朋、堀池徳、白澤健太、磯部祥子、島田武彦、藤井浩
[2]. アレル比較解析のための AllleleMiner出力統合ツールの開発
園芸学会令和8年度春季大会 （2026/3/） other
[Presenter]和田美智花、桐生適誠、堀池徳祐、遠藤朋子、島田武彦、白澤健太、磯部祥子、藤井浩
[3]. 国内流通するブンタンを品種識別可能なInDelマーカーの開発
園芸学会令和8年度春季大会 （2026/3/） other
[Presenter]島田理暉、根津巽、野中圭介、渡邊知輝、白澤健太、磯部祥子、堀池徳祐、富永晃好
[4]. 系統推定に用いるOTU数と長枝バイアスとの関係
第48回日本分子生物学会 （2025/12/） other
[Presenter]竹内和輝、堀池徳祐
[5]. タンパク質の立体構造情報を用いた系統解析法の検討
第48回日本分子生物学会 （2025/12/） other
[Presenter] 大石結菜、堀池徳祐
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[1]. 分子進化シミュレーションによる長枝誘引の発生メカニズム解明と解消法の提案 （ 2022/4 ～ 2026/3 ） Grant-in-Aid for Scientific Research (C) leader
[2]. 重金属環境下で有害化する植物アミロイド蛋白質の凝集及び毒性発現メカニズムの解明 （ 2011/11 ～ 2016/3 ） Grant-in-Aid for Scientific Research (B) member
[3]. 系統解析用オーソログデータセット作成システムの開発 （ 2010/4 ～ 2012/3 ） Grant-in-Aid for Young Scientists (B) leader
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[1]. 無根系統樹の同型判定方法をコンピュータ上で実行可能なプログラム，それを記録したコンピュータ読取可能な記録媒体および無根系統樹の同型判定装置 [Application Number] 2005-330761 (2005/11/15)
[Notes] 公開番号：2007-140701
[2]. 相同性解析システム、相同性解析方法、相同性解析プログラム及び取引成立システム [Application Number] 2001-231810 (2001/7/31) [Patent Number] 特許第3851524号 |
[1]. 第26回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2026/3)
[Role at conference, etc.] other [Site of conference, etc.] 静岡理工科大学 静岡駅前キャンパス
[2]. 第20回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2021/2)
[Role at conference, etc.] is leader [Site of conference, etc.] オンライン開催
[3]. 第19回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2019/3)
[Role at conference, etc.] other [Site of conference, etc.] 静岡県立大学 草薙キャンパス
[4]. 第19回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2018/3)
[Role at conference, etc.] other [Site of conference, etc.] 静岡大学大学会館
[5]. 第18回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2017/3)
[Role at conference, etc.] other [Site of conference, etc.] 静岡大学大学会館
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