[1]. AlleleMiner: 遺伝子配列のフェージングおよび変異検出解析ツール
園芸学会令和8年度春季大会 （2026/3/） other
[Presenter]桐生適誠、川原善浩、遠藤朋、堀池徳、白澤健太、磯部祥子、島田武彦、藤井浩
[2]. アレル比較解析のための AllleleMiner出力統合ツールの開発
園芸学会令和8年度春季大会 （2026/3/） other
[Presenter]和田美智花、桐生適誠、堀池徳祐、遠藤朋子、島田武彦、白澤健太、磯部祥子、藤井浩
[3]. 国内流通するブンタンを品種識別可能なInDelマーカーの開発
園芸学会令和8年度春季大会 （2026/3/） other
[Presenter]島田理暉、根津巽、野中圭介、渡邊知輝、白澤健太、磯部祥子、堀池徳祐、富永晃好
[4]. 系統推定に用いるOTU数と長枝バイアスとの関係
第48回日本分子生物学会 （2025/12/） other
[Presenter]竹内和輝、堀池徳祐
[5]. タンパク質の立体構造情報を用いた系統解析法の検討
第48回日本分子生物学会 （2025/12/） other
[Presenter] 大石結菜、堀池徳祐
[6]. Comprehensive Extraction of Plant Allelic Sequences and Inheritance Verification Using the Improved AlleleMiner Pipeline
第48回日本分子生物学会 （2025/12/） other
[Presenter]Yukinari Kiryu, Yoshihiro Kawahara, Tomoko Endo, Tokumasa Horiike, Kenta Shirasawa, Sachiko Isobe, Takehiko Shimada and Hiroshi Fujii
[7]. The new software AlleleMiner, automatically identifies alleles of citrus metabolic genes with long-read sequence data
The 6th Asia Symposium on Quality Management in Postharvest Systems（ASQP2025） （2025/11/） other
[Presenter]Yukinari Kiryu, Yoshihiro Kawahara, Tomoko Endo, Tokumasa Horiike, Kenta Shirasawa, Sachiko Isobe, Takehiko Shimada and Hiroshi Fujii
[8]. NGSロングリードから遺伝子配列を 自動フェージングするソフトウエア
第24回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2024/3/3） other
[Presenter]桐生適誠、藤井浩、堀池徳祐
[9]. 長枝誘引が発生する瞬間に何が起こるか？
第24回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2024/3/3） other
[Presenter]仲田昇平、堀池徳祐
[10]. マルチプルアラインメントデータを用いて長枝誘引の本質を探る
日本進化学会第25回大会 （2023/8/31） other
[Presenter]仲田昇平、堀池徳祐
[11]. Farris系統樹を用いて長枝誘引の本質を探る
日本進化学会第25回大会 （2023/8/31） other
[Presenter]堀池徳祐、仲田昇平
[12]. indel マーカーを作成するプ ログラム LINDA（Large INDel Analyzer）の開発
園芸学会 （2023/3/20） other
[Presenter]根津巽、渡邊知輝、堀池徳祐、白澤健太、磯部祥子、島田武彦、藤井浩
[13]. 分類情報を用いたオーソログデータセット作成プログラムOrthoPhyの開発
第17回日本ゲノム微生物学会年会 （2023/3/10） other
[Presenter]堀池徳祐、渡辺知輝
[14]. Farris系統樹で発生する長枝誘引
第23回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2023/3/5） other
[Presenter]仲田昇平、渡邊知輝、堀池徳祐
[15]. NGSロングリードを利用した挿入・欠失マーカー作成プログラムの開発
第23回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2023/3/5） other
[Presenter]根津巽、藤井浩、堀池徳祐
[16]. 食虫植物の収斂タンパク質検出と正の自然選択検定
第23回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2023/3/5） other
[Presenter]馬渕百恵、堀池徳祐
[17]. Farris系統樹で発生する長枝誘引
日本進化学会第24回大会 （2022/8/5） other
[Presenter]仲田昇平、渡邊知輝、堀池徳祐
[18]. マルチプルアライメント法が長枝誘引の発生に及ぼす影響の解明
日本進化学会第24回大会 （2022/8/5） other
[Presenter]渡邊知輝、堀池徳祐
[19]. 分子進化シミュレーションによる長枝誘引の系統解析への影響の調査
遺伝研研究会 生命科学を支える分子系統学 （2022/8/3） invited
[Presenter]堀池徳祐
[20]. OrthoPhy: A program for constructing an ortholog dataset using taxonomic information
Riken iTHEMS biology seminar （2022/7/28） invited
[Presenter]Tokumasa HORIIKE
[21]. The Evolution of Molybdenum Dependent Nitrogenase in Cyanobacteria
The 2nd AsiaEvo Conference （2021/8/） other
[Presenter]Tokumasa Horiike, Tomoaki Watanabe
[22]. Development of a program for constructing ortholog data set using taxonomic information
日本進化学会第23回大会 （2021/8/） other
[Presenter]Tomoaki Watanabe, Tokumasa Horiike
[23]. なぜ、どの生物からも「系統固有遺伝子」が見つかるのか？
日本進化学会第23回大会 （2021/8/） other
[Presenter]吉村 陸, 堀池 徳祐
[24]. 系統分類情報を利用したオーソログデータセット作成プログラムの開発
日本進化学会第22回大会 （2020/9/） other
[Presenter]渡邊知輝、呉耀慶、堀池徳祐
[25]. 機械学習を用いたLBA判別の試み
日本進化学会第22回大会 （2020/9/） other
[Presenter]呉耀慶、堀池徳祐
[26]. Genome Identifier: 微生物ゲノム配列用系統解析ツール
情報処理学会第61回バイオ情報学研究会 （2020/3/12） other
[Presenter]堀池徳祐、下山祐紀
[27]. 系統分類情報を用いたオーソログデータセット作成法の開発
日本遺伝学会第91回大会 （2019/9/） other
[Presenter]渡邊知輝、呉耀慶、堀池徳祐
[28]. Long Branch Attraction 発生のメカニズムの解明と 発生の有無を判定するプログラムの開発
日本遺伝学会第91回大会 （2019/9/） other
[Presenter]呉耀慶、堀池徳祐
[29]. Ortholog Finder: A tool for constructing an ortholog dataset for phylogenetic analysis
Quest for orthologs 6 （2019/7/31） other
[Presenter]Tokumasa Horiike
[30]. 系統分類情報を用いたオーソログデータセット作成法の開発
第20回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2019/3/2） other
[Presenter]呉耀慶、堀池徳祐
[31]. シアノバクテリアの多細胞性の起源解明
第20回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2019/3/2） other
[Presenter]杉山賢、堀池徳祐
[32]. シアノバクテリアにおける窒素固定能の起源解明
第20回日本進化学会 （2018/8/） other
[Presenter]渡邊知輝、堀池徳祐
[Notes] 東京大学
[33]. Long Branch Attraction 発生の有無を判定するプログラムの開発
第20回日本進化学会 （2018/8/） other
[Presenter]牧野弘和、堀池徳祐
[Notes] 東京大学
[34]. エコーロケーション能を持つイルカとコウモリにおける収斂タンパク質の検出
第20回日本進化学会 （2018/8/） other
[Presenter]下山祐紀、前原愛、堀池徳祐
[Notes] 東京大学
[35]. シアノバクテリアにおける窒素固定能の起源と進化
ラン藻ゲノム交流会2018 （2018/6/） other
[Presenter]堀池徳祐
[Notes] 東京大学
[36]. シアノバクテリアの窒素固定能の起源解明
第19回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2018/3/4） other
[Presenter]渡邊知輝、堀池徳祐
[37]. 系統樹におけるLong-Branch Attractionの発生の有無を判定するプログラムの開発
第19回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2018/3/4） other
[Presenter]牧野弘和、堀池徳祐
[38]. シアノバクテリアにおける窒素固定能の起源解明
第12回日本ゲノム微生物学会年会 （2018/3/） other
[Presenter]堀池 徳祐,渡邊 知輝
[Notes] 京都大学
[39]. シアノバクテリアにおける窒素固定能の起源
第19回日本進化学会 （2017/8/） other
[Presenter]堀池 徳祐
[Notes] 京都大学
[40]. GenomeIdentifier: ゲノム情報を用いた系統解析ツール
第11回日本ゲノム微生物学会年会 （2017/3/） other
[Presenter]堀池 徳祐
[Notes] 慶応義塾大学湘南藤沢キャンパス
[41]. 全ゲノム情報を利用した系統解析プログラム GenomeIdentifier の開発
第18回ライフサイエンスシンポジウム （2017/3/） other
[Presenter]下山 祐紀,堀池 徳祐
[Notes] 静岡大学大学会館
[42]. GenomeIdentifier: a tool for phylogenetic analysis using genomic data
Genome Evolution in Mishima （2017/3/） other
[Presenter]堀池 徳祐
[Notes] 国立遺伝学研究所
[43]. オーソログデータセット作成プログラムの改良
第18回日本進化学会 （2016/8/） other
[Presenter]堀池 徳祐
[Notes] 東京工業大学
[44]. 任意の系統の進化過程における遺伝子の 獲得・欠失数推定法の改良と応用
第17回静岡ライフサイエンスシンポジウム （2016/3/） other
[Presenter]小森 大樹,堀池 徳祐
[URL of the repository, etc.]
[Notes] 開催場所：静岡大学大学会館
主 催： 静岡生命科学若手フォーラム
[45]. ゲノムが生み出す生物の新規性について
第16回 静岡ライフサイエンスシンポジウム （2015/3/） invited
[Presenter]堀池 徳祐
[URL of the repository, etc.]
[Notes] 開催場所：静岡大学大学会館
主 催： 静岡生命科学若手フォーラム
[46]. 系統固有遺伝子の起源、自動推定法の開発
第15回 静岡ライフサイエンスシンポジウム （2014/3/） other
[Presenter]友岡 裕介,堀池 徳祐
[URL of the repository, etc.]
[Notes] 開催場所：静岡理工科大学
主 催： 静岡生命科学若手フォーラム
[47]. 系統固有遺伝子の起源、自動推定法の開発
第36回日本分子生物学会年会 （2013/12/） other
[Presenter]友岡 裕介,堀池 徳祐
[Notes] 神戸
[48]. Ortho-Gen: The ortholog dataset constructing tool for phylogenetic analysis
The International Society for Computational Biology and the African Society for Bioinformatics and Computational Biology 2013 （2013/3/） other
[Presenter]Horiike T,Miyata D,Minai R,Tateno Y
[Notes] Casablanca (Morocco)
[49]. Development of ortholog dataset for phylogenetic analysis
第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会 （2012/12/） other
[Presenter]堀池 徳祐,宮田大輔,薬袋良一,舘野義男
[Notes] 神戸
[50]. Ortho-Gen: The ortholog dataset constructing tool for phylogenetic analysis
ECCB'12 - the European Conference on Computational Biology （2012/9/） other
[Presenter]Horiike T,Miyata D,Minai R
[Notes] Basel (Swiss)
[51]. Ortho-Gen: The ortholog dataset constructing tool for phylogenetic analysis.
The 2012 Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution （2012/6/） other
[Presenter]Horiike T,Miyata D,Minai R,Tateno Y
[Notes] Dublin (Ireland)
[52]. 遺伝子水平伝播シミュレーションプログラム(HGT-Gen)の開発
第6回日本ゲノム微生物学会年会 （2012/3/） other
[Presenter]堀池徳祐,宮田大輔,薬袋良一,舘野義男
[Notes] 東京
[53]. Development of new method for making ortholog dataset.
Young Researchers Conference on Evolutionary Genomics （2011/8/） invited
[Presenter]Horiike T
[Notes] Tokyo
[54]. Development of new method for making ortholog dataset.
The 2011 Annual meeting of the society for molecular biology and evolution （2011/7/） other
[Presenter]Horiike T,Miyata D,Minai R,Tateno Y
[Notes] Kyoto
[55]. 系統解析用オーソログデータセット作成法の開発
BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会） （2010/12/） other
[Presenter]堀池徳祐,宮田大輔,薬袋良一,舘野義男
[Notes] 大阪
[56]. 系統解析用オーソログデータセット作成法の開発
第12回日本進化学会大会 （2010/8/） other
[Presenter]堀池徳祐,宮田大輔,薬袋良一,舘野義男
[Notes] 東京
[57]. Development of new method for making ortholog dataset.
The 2010 Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution （2010/7/） other
[Presenter]Horiike T,Miyata D,Minai R,Tateno Y
[Notes] Lyon (France)
[58]. Phylogenetic tree of prokaryotes with Positive Ortholog Ratio.
The 2009 Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution （2009/6/） other
[Presenter]Horiike T,Miyata D,Tateno Y
[Notes] Iowa city (USA)
[59]. 大量オーソログデータを用いた原核生物の系統樹解析
第三回日本ゲノム微生物学会 （2009/3/） other
[Presenter]堀池徳祐,宮田大輔,舘野義男
[Notes] 東京
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