[1]. Histidine Protonation States Regulate the State Transition from R State Hemoglobin
The Journal of Physical Chemistry B 128/12 2853-2863 （2024年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Haruka Yotsuya, Miho Tanaka, Yukichi Kitamura, and Masataka Nagaoka [備考] 研究計画、プログラム作成、議論
[DOI]
[2]. Theoretical analysis toward better description of the wavenumber shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water
Journal of Raman Spectroscopy / - （2022年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Yukichi Kitamura, Hajime Torii [備考] 計算の実行、解析、考察
[DOI]
[3]. Theoretical Prediction of pH-dependent Electronic Spectra in Aqueous Solution: A Combinational Application of QM/MM Calculations and Constant-pH Simulations with Configuration-Selection Scheme
Chemical Physics Letters 798/ 139624- （2022年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Carlos Bistafa, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka [備考] プログラム作成、考察
[DOI]
[4]. ヘモグロビンのアロステリック制御に関するデータ科学的研究 ‒四次構造変化に対する塩素イオンの役割‒
Journal of Computer Chemistry, Japan 20/3 97-99 （2021年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] M. Tanaka, Y. Takahashi, K. Takami, Y. Kitamura, M. Nagaoka [備考] 研究計画、プログラム作成、議論
[DOI]
[5]. Chloride Ions Stabilize Human Adult Hemoglobin in T-State, Competing with Allosteric Interaction of Oxygen Molecules
The Journal of Physical Chemistry B 125/46 12670-12677 （2021年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Ikuo Kurisaki, Yume Takahashi, Yukichi Kitamura, and Masataka Nagaoka [備考] プログラム作成、議論
[DOI]
[6]. Performance Research of Clustering Methods for Detecting State Transition Trajectories in Hemoglobin
Journal of Computer Chemistry, Japan 19/4 154-157 （2021年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Kei TAKAMI, Yukichi KITAMURA, Masataka NAGAOKA [備考] プログラミング、結果の議論・考察
[DOI]
[7]. A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration-Selection Scheme Using the Zero Energy Difference Condition: Elucidation of Molecular Diffusivity Correlated with a pH-Dependent Solvation Shell
Journal of Chemical Theory and Computation 17/2 1030-1040 （2021年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka [DOI]
[8]. Vibrational Spectroscopy in Solution through Perturbative ab Initio Molecular Dynamics Simulations
Journal of Chemical Theory and Computation 15/8 4615-4622 （2019年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当する
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Carlos Bistafa, Yukichi Kitamura, Marilia T. C. Martins-Costa, Masataka Nagaoka, Manuel F. Ruiz-López [備考] プログラミング、結果の議論・考察
[DOI]
[9]. Microscopic Origin of Different Hydration Patterns of para-Nitrophenol and Its Anion: A Study Combining Multiconfigurational Calculations and the Free-Energy Gradient Method
The Journal of Physical Chemistry B 122/39 9202-9209 （2018年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当する
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Carlos Bistafa, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka, Sylvio Canuto [備考] 結果の議論・考察
[DOI]
[10]. Cost-Effective Method for Free-Energy Minimization in Complex Systems with Elaborated Ab Initio Potentials
Journal of Chemical Theory and Computation 14/6 3262-3271 （2018年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当する
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Carlos Bistafa, Yukichi Kitamura, Marilia T. C. Martins-Costa, Masataka Nagaoka, Manuel F. Ruiz-López [備考] プログラミング、結果の議論・考察
[DOI]
[11]. 博士論文紹介「グリシン水溶液における微視的溶媒効果に関する理論的研究」ー自由エネルギー勾配法の新展開：振動双解析法ー」
分子シミュレーション研究会会誌“アンサンブル” 18/2 115-122 （2016年） [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] 北村勇吉
[12]. Efficient Computational Research Protocol to Survey Free Energy Surface for Solution Chemical Reaction in the QM/MM Framework: The FEG-ER Methodology and Its Application to Isomerization Reaction of Glycine in Aqueous Solution
The Journal of Physical Chemistry B 120/8 2001-2011 （2016年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Norio Takenaka, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka [備考] 結果の議論・考察
[DOI]
[13]. Dual Approach to Vibrational Spectra in Solution: Microscopic Influence of Hydrogen Bonding to the State of Motion of Glycine in Water
Journal of Chemical Theory and Computation 10/8 3369-3379 （2014年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Yukichi Kitamura, Norio Takenaka, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka [DOI]
[14]. An improvement in quantum mechanical description of solute-solvent interactions in condensed systems via the number-adaptive multiscale quantum mechanical/molecular mechanical-molecular dynamics method: Application to zwitterionic glycine in aqueous solution
The Journal of Chemical Physics 137/2 024501-024501 （2012年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Norio Takenaka, Yukichi Kitamura, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka [備考] 結果の議論・考察
[DOI]
[15]. The number-adaptive multiscale QM/MM molecular dynamics simulation: Application to liquid water
Chemical Physics Letters 524/ 56-61 （2012年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Norio Takenaka, Yukichi Kitamura, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka [備考] 結果の議論・考察
[DOI]
[16]. Reaction path optimization and vibrational frequency analysis via ab initio QM/MM free energy gradient (FEG) method: application to isomerization process of glycine in aqueous solution
Theoretical Chemistry Accounts 130/2-3 215-226 （2011年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Norio Takenaka, Yukichi Kitamura, Yoshiyuki Koyano, Toshio Asada, Masataka Nagaoka [備考] 計算実行と結果の議論
[DOI]
[17]. On the smoothing of free energy landscape of solute molecules in solution: A demonstration of the stability of glycine conformers via ab initio QM/MM free energy calculation
Chemical Physics Letters 514/4-6 261-266 （2011年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Yukichi Kitamura, Norio Takenaka, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka [DOI]
[18]. Self-association of urea in aqueous solutions: A Voronoi polyhedron analysis study
The Journal of Chemical Physics 129/16 164512-164512 （2008年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当する
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Abdenacer Idrissi, Pierre Damay, Kitamura Yukichi, Pal Jedlovszky [備考] 計算実行
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