[1]. Histidine Protonation States Regulate the State Transition from R State Hemoglobin
The Journal of Physical Chemistry B 128/12 2853-2863 （2024年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Haruka Yotsuya, Miho Tanaka, Yukichi Kitamura, and Masataka Nagaoka [備考] 研究計画、プログラム作成、議論
[DOI]
[2]. Theoretical analysis toward better description of the wavenumber shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water
Journal of Raman Spectroscopy / - （2022年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Yukichi Kitamura, Hajime Torii [備考] 計算の実行、解析、考察
[DOI]
[3]. Theoretical Prediction of pH-dependent Electronic Spectra in Aqueous Solution: A Combinational Application of QM/MM Calculations and Constant-pH Simulations with Configuration-Selection Scheme
Chemical Physics Letters 798/ 139624- （2022年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Carlos Bistafa, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka [備考] プログラム作成、考察
[DOI]
[4]. ヘモグロビンのアロステリック制御に関するデータ科学的研究 ‒四次構造変化に対する塩素イオンの役割‒
Journal of Computer Chemistry, Japan 20/3 97-99 （2021年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] M. Tanaka, Y. Takahashi, K. Takami, Y. Kitamura, M. Nagaoka [備考] 研究計画、プログラム作成、議論
[DOI]
[5]. Chloride Ions Stabilize Human Adult Hemoglobin in T-State, Competing with Allosteric Interaction of Oxygen Molecules
The Journal of Physical Chemistry B 125/46 12670-12677 （2021年） [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Ikuo Kurisaki, Yume Takahashi, Yukichi Kitamura, and Masataka Nagaoka [備考] プログラム作成、議論
[DOI]
|
[1]. Molecular Technology, Volume 3: Materials Innovation, Eds. H. Yamamoto and T. Kato
Wiley-VCH （2019年）
[著書の別]著書（研究）
[単著・共著・編著等の別] 分担執筆
[著者]M. Nagaoka, M. Takayanagi, N. Takenaka, Y. Suzuki, K. Matsumoto, N. Koga, K. S. Sandhya, U. Purushotham, Y. Kitamura [担当範囲] Computational Molecular Technology Toward Macroscopic Chemical Phenomena: Red Moon Methodology and Its Related Applications [総頁数] 351 [担当頁] pp. 201–234
[2]. Quantum Modeling of Complex Molecular Systems (Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics), Eds. J.-L. Rivail. Manuel F. Ruiz-López and X. Assfeld
Springer （2015年）
[著書の別]著書（研究）
[単著・共著・編著等の別] 分担執筆
[著者]Yukichi Kitamura, Norio Takenaka, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka [担当範囲] Free Energy Gradient Method and its Recent Related Developments: Free Energy Optimization and Vibrational Frequency Analysis in Solution [総頁数] 523 [担当頁] pp. 219–252
[3]. Practical Aspects of Computational Chemistry III, Eds. M. Shukla and J. Leszczynski
Springer （2014年）
[著書の別]著書（研究）
[単著・共著・編著等の別] 分担執筆
[著者]Herbert C. Georg, Tamires S. Fernandes, Sylvio Canuto, Norio Takenaka, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka [担当範囲] A Combination of the Sequential QM/MM and the Free Energy Gradient Methodologies with Applications [総頁数] 436 [担当頁] pp. 231–247
|
[1]. 伸縮振動モードの振動数予測モデルにおける記述子の解析
凝集系の理論化学研究会 （2023年3月10日） 招待講演
[発表者]北村 勇吉
[備考] 開催場所：沖縄県市町村自治会館
主催団体：研究会「凝集系の理論化学」
[2]. Theoretical analysis toward better description of the frequency shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water
Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10) （2023年2月20日） 招待講演以外
[発表者]Yukichi KITAMURA, Hajime TORII
[備考] 開催場所：ベトナム（クイニョン）
主催団体：Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists
[3]. Histidine Protonation State Regulates the Structural Stability of R state Hemoglobin
Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10) （2023年2月19日） 招待講演以外
[発表者]Haruka Yotsuya, Miho Tanaka, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka
[備考] 開催場所：ベトナム（クイニョン） 主催団体：Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists
[4]. GPU版配置選択pH(CS-CpH)法の開発とその応用
第36回分子シミュレーション討論会 （2022年12月5日） 招待講演以外
[発表者]稲垣風花、北村勇吉、四谷悠、長岡正隆
[備考] 開催場所：東京工業大学、主催団体：分子シミュレーション学会
[5]. Theoretical analysis toward better description of the frequency shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water
第45回ケモインフォマティクス討論会 （2022年11月18日） 招待講演以外
[発表者]北村勇吉，鳥居肇
[備考] 開催場所：九州大学 筑紫キャンパス 筑紫ホール
主催：日本化学会 ケモインフォマティクス部会
|
[1]. その他 【学術・技術指導】計算化学基盤技術（量子化学計算・分子動力学シミュレーション）の指導
代表 （ 2022年11月 ～ 2023年4月 )
[相手先] 株式会社アイセロ |
[1]. 量子化学的記述子を用いたアンサンブル機械学習モデルの開発と分光スペクトル解析 （ 2023年4月 ～ 2026年3月 ） 基盤研究(C) 代表
[2]. pHや共溶質濃度の変化による蛋白質機能調節の機構解明:計算化学とデータ科学の融合 （ 2022年4月 ～ 2025年3月 ） 基盤研究(B) 分担
[3]. pH依存環境の計算化学とデータ科学の融合－分子凝集から生体分子機能まで－ （ 2021年10月 ～ 2022年3月 ） 基盤研究(B) 分担
[4]. pH依存活性錯合体の計算化学-ミクロ定pH法の開発から遷移状態制御へ- （ 2016年7月 ～ 2019年3月 ） 基盤研究(B) 分担
[5]. 溶液反応におけるｐＨ依存特性の計算化学的解明－溶媒和構造と吸収スペクトル変化－ （ 2013年4月 ～ 2015年3月 ） 特別研究員奨励費 代表
|
[1]. 2021年 奨学賞 ヘモグロビンのアロステリック制御に関する統計解析: T状態安定化に対する塩素イオンの役割 （2021年6月)
[受賞者] 田中美帆, 高橋由芽, 高見慧, 北村勇吉, 長岡正隆 [授与機関] 日本コンピュータ化学会
[2]. 2020年 奨学賞 ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間立体構造変化に対する進入酸素分子群の役割 （2020年11月)
[受賞者] 高見慧, 北村勇吉, 長岡正隆 [授与機関] 日本コンピュータ化学会
[3]. エクセレントドクター賞 グリシン水溶液における微視的溶媒効果に関する理論的研究 （2015年3月)
[授与機関] 名古屋大学大学大学院情報学研究科
[4]. 日本学術振興会特別研究員 (DC2) 溶液反応におけるｐＨ依存特性の計算化学的解明－溶媒和構造と吸収スペクトル変化－ （2013年4月)
[授与機関] 日本学術振興会 |
[1]. 「富岳」試行課題（一般／産業）採択（2022年4月～2023年7月） （2022年4月 - 2023年7月 )
[備考] 課題名「ヒト成人ヘモグロビン分子動力学シミュレーションにおける並列計算効率の検討」
副代表として参画
[2]. 次世代二次電池・燃料電池開発によるET革命に向けた計算・データ材料科学研究 （2020年4月 - 2023年3月 )
[備考] サブ課題A-1：電解液系次世代二次電池（革新型液系二次電池）に協力者（計算・データ科学研究）として参加している。 |