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静岡大学教員データベース - 教員個別情報 : 北村 勇吉 (Kitamura Yuhkichi)

北村 勇吉 (Kitamura Yuhkichi)
助教
学術院工学領域 - 化学バイオ工学系列



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最終更新日:2022/06/24 9:43:15

教員基本情報

【取得学位】
博士(情報科学)  名古屋大学大学院情報科学研究科   2015年3月
【研究分野】
化学 - 基礎化学 - 物理化学
【相談に応じられる教育・研究・社会連携分野】
計算化学
理論化学
溶液化学
【現在の研究テーマ】
計算化学・情報科学を融合した新規手法の開発
理論化学的手法を用いた凝集相系化学現象の解明
【研究キーワード】
凝集相系, 分子シミュレーション, 量子化学法
【所属学会】
・日本化学会
・分子科学会
・理論化学会
・日本コンピュータ化学会
・分子シミュレーション学会
 

研究業績情報

【論文 等】
[1]. Theoretical analysis toward better description of the wavenumber shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water
Journal of Raman Spectroscopy / - (2022年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 責任著者
[著者] Yukichi Kitamura, Hajime Torii [備考] 計算の実行、解析、考察
[DOI]
[2]. Theoretical Prediction of pH-dependent Electronic Spectra in Aqueous Solution: A Combinational Application of QM/MM Calculations and Constant-pH Simulations with Configuration-Selection Scheme
Chemical Physics Letters 798/ 139624- (2022年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Carlos Bistafa, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka [備考] プログラム作成、考察
[DOI]
[3]. ヘモグロビンのアロステリック制御に関するデータ科学的研究 ‒四次構造変化に対する塩素イオンの役割‒
Journal of Computer Chemistry, Japan 20/3 97-99 (2021年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] M. Tanaka, Y. Takahashi, K. Takami, Y. Kitamura, M. Nagaoka [備考] 研究計画、プログラム作成、議論
[DOI]
[4]. Chloride Ions Stabilize Human Adult Hemoglobin in T-State, Competing with Allosteric Interaction of Oxygen Molecules
The Journal of Physical Chemistry B 125/46 12670-12677 (2021年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Ikuo Kurisaki, Yume Takahashi, Yukichi Kitamura, and Masataka Nagaoka [備考] プログラム作成、議論
[DOI]
[5]. Performance Research of Clustering Methods for Detecting State Transition Trajectories in Hemoglobin
Journal of Computer Chemistry, Japan 19/4 154-157 (2021年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない
[責任著者・共著者の別] 共著者
[著者] Kei TAKAMI, Yukichi KITAMURA, Masataka NAGAOKA [備考] プログラミング、結果の議論・考察
[DOI]
【著書 等】
[1]. Molecular Technology, Volume 3: Materials Innovation, Eds. H. Yamamoto and T. Kato
Wiley-VCH (2019年)
[著書の別]著書(研究)
[単著・共著・編著等の別] 分担執筆
[著者]M. Nagaoka, M. Takayanagi, N. Takenaka, Y. Suzuki, K. Matsumoto, N. Koga, K. S. Sandhya, U. Purushotham, Y. Kitamura [担当範囲] Computational Molecular Technology Toward Macroscopic Chemical Phenomena: Red Moon Methodology and Its Related Applications [総頁数] 351 [担当頁] pp. 201–234

[2]. Quantum Modeling of Complex Molecular Systems (Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics), Eds. J.-L. Rivail. Manuel F. Ruiz-López and X. Assfeld
Springer (2015年)
[著書の別]著書(研究)
[単著・共著・編著等の別] 分担執筆
[著者]Yukichi Kitamura, Norio Takenaka, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka [担当範囲] Free Energy Gradient Method and its Recent Related Developments: Free Energy Optimization and Vibrational Frequency Analysis in Solution [総頁数] 523 [担当頁] pp. 219–252

[3]. Practical Aspects of Computational Chemistry III, Eds. M. Shukla and J. Leszczynski
Springer (2014年)
[著書の別]著書(研究)
[単著・共著・編著等の別] 分担執筆
[著者]Herbert C. Georg, Tamires S. Fernandes, Sylvio Canuto, Norio Takenaka, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka [担当範囲] A Combination of the Sequential QM/MM and the Free Energy Gradient Methodologies with Applications [総頁数] 436 [担当頁] pp. 231–247
【学会発表・研究発表】
[1]. A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration Selection Scheme: Application to pH-dependent Vibrational and Electronic Spectra
The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (PacifiChem 2021) (2021年12月17日) 招待講演以外
[発表者]Yukichi Kitamura, Carlos Bistafa, Masataka Nagaoka
[備考] オンライン形式(ハワイ州ホノルル、一般口頭)、日本化学会主催
[2]. 2次元時系列データを用いた時系列クラスタリングによる非部位特異的アロステリック制御機構の解析
第15回分子科学討論会 (2021年9月18日) 招待講演以外
[発表者]北村 勇吉,高見 慧,長岡 正隆
[備考] オンライン形式(北海道大学、一般口頭)、分子科学会主催
[3]. 時系列クラスタリング法によるヘモグロビンタンパク質内部への酸素分子進入過程の解析
日本コンピュータ化学会2021年春季年会 (2021年6月5日) 招待講演以外
[発表者]北村 勇吉,高見 慧,長岡 正隆
[備考] オンライン形式(一般口頭)、日本コンピュータ化学会主催
[4]. 配置選択定 pH 法:pH依存振動および電子遷移スペクトルへの適用
第23回理論化学討論会 (2021年5月) 招待講演以外
[発表者]北村 勇吉,長岡 正隆
[備考] オンライン形式(京都大学、一般口頭)、理論化学会主催
[5]. ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間立体構造変化に対する進入酸素分子群の役割
日本コンピュータ化学会2020年秋季年会 (2020年11月6日) 招待講演以外
[発表者]高見慧, 北村勇吉, 長岡正隆
[URL]
[備考] オンライン、日本コンピュータ化学会主催
【科学研究費助成事業】
[1]. pH依存環境の計算化学とデータ科学の融合-分子凝集から生体分子機能まで- ( 2021年10月 ~ 2022年3月 ) 基盤研究(B) 分担

[2]. pH依存活性錯合体の計算化学-ミクロ定pH法の開発から遷移状態制御へ- ( 2016年7月 ~ 2019年3月 ) 基盤研究(B) 分担

[3]. 溶液反応におけるpH依存特性の計算化学的解明-溶媒和構造と吸収スペクトル変化- ( 2013年4月 ~ 2015年3月 ) 特別研究員奨励費 代表
【受賞】
[1]. エクセレントドクター賞 グリシン水溶液における微視的溶媒効果に関する理論的研究 (2015年3月)
[授与機関] 名古屋大学大学大学院情報学研究科
[2]. 日本学術振興会特別研究員 (DC2) 溶液反応におけるpH依存特性の計算化学的解明-溶媒和構造と吸収スペクトル変化- (2013年4月)
[授与機関] 日本学術振興会
【その他学術研究活動】
[1]. 「富岳」試行課題(一般/産業)採択(2022年4月~10月) (2022年4月 - 2022年10月 )
[備考] 課題名「ヒト成人ヘモグロビン分子動力学シミュレーションにおける並列計算効率の検討」 副代表として参画
[2]. 次世代二次電池・燃料電池開発によるET革命に向けた計算・データ材料科学研究 (2020年4月 - 2023年3月 )
[備考] サブ課題A-1:電解液系次世代二次電池(革新型液系二次電池)に協力者(計算・データ科学研究)として参加している。

教育関連情報

【今年度担当授業科目】
[1]. 学部専門科目 環境応用化学実験Ⅰ (2022年度 - 後期 )
[2]. 学部専門科目 環境応用化学実験Ⅱ (2022年度 - 前期 )
[3]. 学部専門科目 環境応用化学演習Ⅳ (2022年度 - 後期 )
【指導学生数】
2022年度
卒研指導学生数(4年) 1 人
修士指導学生数 1 人
2021年度
卒研指導学生数(4年) 1 人

社会活動

国際貢献実績

管理運営・その他