[1]. LfaR, a LacI Transcriptional Regulator, is Involved in Phytopathogenesis of Dickeya dadantii 3937 土と微生物 78/2 68-77 (2024年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Dina Istiqomah, Tri Joko, Masahiro Umehara, Takumi Rachi, Naoko Kanuma, Ryota Moriuchi, Hisae Hirata, Naoto Ogawa, Shinji Tsuyumu [2]. Manuka Honey Inhibits Biofilm Formation and Reduces the Expression of the Associated Genes in Pectobacterium brasiliense Scientifica 2024/ - 8837149 (2024年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] Tri Joko, Sheila Ava, Isna Nurifa Sasmita Putri, Siti Subandiyah, Muhammad Saifur Rohman, Naoto Ogawa [DOI] [3]. Complete genome sequence of Paraburkholderia sp. strain 22B1P capable of utilizing 3-chlorobenzoate as a carbon source Microbiology Resource Announcements 13/4 - e0123523 (2024年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Ryota Moriuchi, Rion Sano, Shuma Fujii, Yuito Suzuki, Miyune Makita, Yo Kawashima, Takumi Shirakawa, Renki Shindo, Tatsumi Shinkai, Kaede Miura, Moka Hirose, Momiji Nakajima, Asahi Kurokawa, Rituparna Chetia, Chiharu Hirokawa, Tomoko Suzuki, Yukiko Ito, Hiroki Murano, Hideo Dohra, Naoto Ogawa, Yu Kanesaki [DOI] [4]. A Brief Overview of LacI-Family Transcriptional Regulators in Bacteria Reviews in Agricultural Science 11/ 310-325 (2023年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Dina Istiqomah, Tri Joko, Naoto Ogawa [DOI] [5]. Isolation and Genomic Analysis of 3-Chlorobenzoate-Degrading Bacteria from Soil Microorganisms 11/ - 1684 (2023年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] Ifat Ara, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Kazuhide Kimbara, Naoto Ogawa, Masaki Shintani [DOI] [6]. Manuka honey reduces the virulence of Pectobacterium brasiliense by suppressing genes that encode plant cell wall-degrading enzymes ASEAN Journal on Science & Technology for Development (AJSTD) 39/3 119-124 (2022年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当する [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] Sheila Ava, Siti Subandiyah, Muhammad Saifur Rohman, Naoto Ogawa, Tri Joko [DOI] [7]. The structure-function relationship of bacterial transcriptional regulators as a target for enhanced biodegradation of aromatic hydrocarbons Microbiological Research 262/ - 127087 (2022年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当する [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Rhitu Kotoky, Naoto Ogawa, Piyush Pandey [DOI] [8]. Complete Genome Sequence of Caballeronia sp. Strain NK8 (MAFF311271), a Chlorobenzoate-Degrading Bacterium Microbiology Resource Announcements 10/1 - e00416-21. (2021年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] Kimiko Yamamoto-Tamura, Ryota Moriuchi, Naoto Ogawa [DOI] [9]. Crystal structure of the full-length LysR-type transcription regulator CbnR in complex with promoter DNA The FEBS Journal 288/15 4560-4575 (2021年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] Evdokia-Anastasia Giannopoulou, Miki Senda, Maharani Pertiwi Koentjoro, Naruhiko Adachi, Naoto Ogawa, Toshiya Senda [備考] on line 出版 2021年3月、冊子体出版 2021年8月 [DOI] [10]. Transcriptome differences between Cupriavidus necator NH9 grown with 3-chlorobenzoate and that grown with benzoate Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 85/6 1546-1561 (2021年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Yu Kanesaki, Naoto Ogawa [備考] on line 出版 2021年3月、冊子体出版 2021年6月 [URL] [DOI] [11]. Complete genome sequence of 3-chlorobenzoate-degrading bacterium Cupriavidus necator NH9 and reclassification of the strains of the genera Cupriavidus and Ralstonia based on phylogenetic and whole-genome sequence analyses Frontiers in Microbiology 10/133 1-21 (2019年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Yu Kanesaki, Naoto Ogawa [DOI] [12]. Structural studies of transcriptional regulation by LysR-type transcriptional regulators in bacteria Reviews in Agricultural Science 6/ 105-118 (2018年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Maharani Pertiwi Koentjoro, Naoto Ogawa [DOI] [13]. LysRタイプ転写調節因子CbnRのDNA結合ドメインとDNAとの複合体構造 日本結晶学会誌 60/2-3 135- 141 (2018年) [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] 千田美紀,安達成彦,千田俊哉,Maharani Pertiwi Koentjoro,小川直人 [14]. Crystal structure of the DNA-binding domain of the LysR-type transcriptional regulator CbnR in complex with a DNA fragment of the recognition-binding site in the promoter region The FEBS Journal 285/5 977-989 (2018年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Toshiya Senda,Naoto Ogawa [共著者]Maharani Pertiwi Koentjoro,Naruhiko Adachi,Miki Senda [15]. Amino acid residues critical for DNA binding and inducer recognition in CbnR, a LysR-type transcriptional regulator from Cupriavidus necator NH9 Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 81/11 2119- 2129 (2017年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Ryota Moriuchi,Kaori Takada,Masae Takabayashi,Masao Fukuda,Toshiya Senda [16]. 細菌による芳香族化合物の分解と遺伝子発現調節機構 分離技術 47/2 92-96 (2017年) [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] 小川 直人 [17]. A putative porin gene of Burkholderia sp. NK8 involved in chemotaxis toward beta-ketoadipate Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 79/6 926- 936 (2015年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Kimiko Yamamoto-Tamura [共著者]Kimiko Yamamoto-Tamura,Ikuro Kawagishi,Naoto Ogawa,Takeshi Fujii [18]. Regional distribution of styrene analogues generated from polystyrene degradation along the coastlines of the North-East Pacific Ocean and Hawaii Environmental Pollution 188/ 45- 49 (2014年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当する [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Bum Gun Kwon [共著者]Bum Gun Kwon,Katsuhiko Saido,Hideto Sato,Naoto Ogawa,Takashi Kusui [19]. New analytical method for the determination of styrene oligomers formed from polystyrene decomposition and its application at the coastlines of the North-West Pacific Ocean Science of the Total Environment 473-474/ 490- 495 (2014年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当する [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Bum Gun Kwon [共著者]Katsuhiko Saido,Hideto Sato,Naoto Ogawa,Bum Gun Kwon,Takashi Kusui [20]. A 2,4-dichlorophenoxyacetic acid degradation plasmid pM7012 discloses distribution of an unclassified megaplasmid group across bacterial species Microbiology (UK) 160/3 525- 536 (2014年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Yoriko Sakai [共著者]Yoriko Sakai,Naoto Ogawa,Yumi Shimomura,Takeshi Fujii [21]. Isolation and structural determination of makinolide B from Streptomyces sp. MK-19 Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 77/9 1964- 1966 (2013年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Shinya Kodani [共著者]Michitaka Hidaki,Mitsuru Yoshida,Naoto Ogawa,Shinya Kodani [22]. Isolation of soil bacteria that decolorize Reactive Red 141, a major industrial textile dye used in Thailand 土と微生物 67/1 10- 13 (2013年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当する [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Sukumal Boonurapeepinyo,Nanako Koga,Niramol Sakkayawong,Naoto Ogawa [23]. Laboratory tests on sorption and transformation of the insecticide flubendiamide in Japanese tea field soil Science of the Total Environment 443/(num) 904-909 (2013年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当する [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Robert Kreuzig [共著者]Susen Hartung,Masahide Iwasaki,Naoto Ogawa,Robert Kreuzig [24]. Specific gene responses of a gram-positive polychlorinated-biphenyl degrader, Rhodococcus jostii RHA1 during growth in soil Applied and Environmental Microbiology 78/19 6954-6962 (2012年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Masao Fukuda [共著者]Toju Iino,Yong Wang,Keisuke Miyauchi,Naoto Ogawa,Masao Fukuda [25]. Response of rhizobacterial communities in watermelon to infection with cucumber green mottle mosaic virus as revealed by cultivation-dependent RISA Archives of Phytopathology and Plant Protection 45/15 1810-1818 (2012年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当する [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Tri Joko [共著者]Tri Joko,Maharani Pertiwi Koentjoro,Susamto Somowiyarjo,Muhammad Saifur Rohman,Naoto Ogawa [26]. 沖縄沿岸における漂流・漂着ポリスチレン由来のスチレンオリゴマー汚染の分析 分析化学 61/7 629- 636 (2012年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]道祖土勝彦 [共著者]道祖土勝彦,雨宮恵司,佐藤秀人,小川直人,釜谷保志 [27]. Isolation and structural determination of a new macrolide, makinolide, from the newly isolated Streptomyces sp. MK-30 The Journal of Antibiotics 65/6 331-334 (2012年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Shinya Kodani [共著者]Shinya Kodani,Ayako Murao,Michitaka Hidaki,Kanna Sato,Naoto Ogawa [28]. 部門別進歩総説特集 第3部門 土壌生物 その3 分解代謝 日本土壌肥料学雑誌 82/6 479- 494 (2011年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]浅川晋 [共著者]佐伯和利,村上弘治,鮫島玲子,小川直人,浅川晋 [備考] 執筆担当箇所 p.491-492 [29]. A survey of the cellular responses in Pseudomonas putida KT2440 growing in sterilized soil by microarray analysis FEMS Microbiology Ecology 78/2 220- 232 (2011年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Takeshi Fujii [共著者]Yong Wang,Sho Morimoto,Naoto Ogawa,Takeshi Fujii [30]. Development of a strain for efficient degradation of polychlorinated biphenyls by patchwork assembly of degradation pathways. Journal of Bioscience and Bioengineering doi:10.1016/j.jbiosc/ - (2010年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Masao Fukuda [共著者]Tsuneo Ohmori,Hirokazu Morita,Megumi Tanaka,Keisuke Miyauchi,Daisuke Kasai,Kensuke Furukawa,Kiyotaka Miyashita,Naoto Ogawa,Eiji Masai [31]. Laboratory experiments on bacterial weathering of granite and its constituent minerals. Geomorphology 4/ 327-336 (2010年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Wonsuh Song [共著者]Wonsuh Song,Naoto Ogawa,Chiaki Oguchi,Tamao Hatta,Yukinori Matsukura [32]. 土壌中の細菌ゲノムの発現をとらえる(総説) 日本生物工学会誌 87/9 428-430 (2009年) [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]小川 直人 [共著者]小川直人,福田雅夫 [33]. Stable expression of the chlorocatechol dioxygenase gene from Ralstonia eutropha NH9 in hybrid poplar cells. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 73/6 1425-1428 (2009年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Tetsuya Kimura [共著者]Yasunori Ohmiya,Toshiro Ono,Toru Taniguchi,Naoei Itahana,Naoto Ogawa,Kunio Ohmiya,Kazuo Sakka,Tetsuya Kimura [34]. Enhanced biofilm formation and 3-chlorobenzoate degrading activity by the bacterial consortium of Burkholderia sp. NK8 and Pseudomonas aeruginosa PAO1. Journal of Applied Microbiology 160/3 790-800 (2009年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Shigenobu Yoshida [共著者]Shigenobu Yoshida,Naoto Ogawa,Takeshi Fujii,Seiya Tsushima [35]. Mutational analysis of the inducer recognition sites of the LysR-type transcriptional regulator TfdT of Burkholderia sp. NK8. Applied Microbiology and Biotechnology 83/6 1085-1094 (2009年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Gang-hua Lang,Naoto Ogawa [36]. An improved method to extract RNA from soil with efficient removal of humic acids. Journal of Applied Microbiology 107/4 1168-1177 (2009年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Y. Wang,S. Morimoto,N. Ogawa,T. Oomori,T. Fujii [37]. Isolation of effective 3-chlorobenzoate-degraders in soil using community analyses by PCR-DGGE. Microbes and Environments 23/4 285-292 (2008年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Sho Morimoto [共著者]Sho Morimoto,Naoto Ogawa,Akira Hasebe,Takeshi Fujii [38]. 土壌抽出RNAを用いた土壌微生物の遺伝子発現解析.(解説) 植物防疫 62/11 607-610 (2008年) [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]藤井毅 [共著者]藤井毅,宮坂知芳,王勇,森本晶,小川直人 [39]. Detection of bphAa Gene Expression of Rhodococcus sp. Strain RHA1 in Soil Using a New Method for RNA Preparation from Soil. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 72/3 694-701 (2008年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Yong Wang,Jun Shimodaira,Sho Morimoto,Takanori Ohmori,Naoto Ogawa,Masao Fukuda,Takeshi Fujii [40]. 環境での遺伝子発現ネットワークを探る(総説) 化学と生物 45/11 792-797 (2007年) [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]福田雅夫 [共著者]福田雅夫,小川直人 [41]. Effect of Bacillus subtilis on granite weathering: A laboratory experiment. CATENA 70/3 275-281 (2007年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]W. Song [共著者]W. Song,N. Ogawa,C. T. Oguchi,T. Hatta,Y. Matsukura [42]. 2,4-Dichrolophenoxyacetic acid-degrading genes from bacteria isolated from soil in Japan: spread of Burkholderia cepacia RASC-type degrading genes harbored on large plasmids. Microbes and Environments 22/2 145-156 (2007年) [査読] 有 [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Yoriko Sakai [共著者]Naoto Ogawa,Takeshi Fujii,Kazuo Sugahara,Kiyotaka Miyashita,Akira Hasebe [43]. 水田土壌から分離した2,4-D分解菌の分解遺伝子はメガプラスミドに存在する 農業環境研究成果情報 22 (2006年) [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]酒井順子 [共著者]小川直人,藤井毅,長谷部亮 [44]. 環境汚染物質分解に関与するLysR型転写調節因子の構造と機能 蛋白質核酸酵素 50/12 1535-1540 (2005年) [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]千田俊哉 [共著者]小川直人 [45]. Analysis of a bacterial community in 3-chlorobenzoate-contaminated soil by PCR-DGGE targeting the 16S rRNA gene and benzoate 1,2-dioxygenase gene (benA) Microbes and Environments 20/3 151-159 (2005年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Sho Morimoto [共著者]Kazuki Togami,Naoto Ogawa,Akira Hasebe,Takeshi Fujii [46]. Amino acids in positions 48, 52, and 73 differentiate the substrate specificities of the highly homologous chlorocatechol 1,2-dioxygenases, CbnA and TcbC. Journal of Bacteriology 87/15 5427-5436 (2005年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Shenghao Liu,Naoto Ogawa,Toshiya Senda,Akira Hasebe,Kiyotaka Miyashita [47]. Two kinds of chloroctechol 1,2-dioxygenase from 2,4-dichlorophenoxyacetate-degrading Sphingomonas sp. strain TFD44. Biochemical and Biophysical Research Communications 332/4 941-948 (2005年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Gang-hua Lang,Naoto Ogawa,Yusuke Tanaka,Takeshi Fujii,Masao Fukuda,Kiyotaka Miyashita [48]. クロロカテコール分解酵素の基質特異性は3つのアミノ酸によって決定される 農業環境研究成果情報 21/ 20-21 (2005年) [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]小川直人 [共著者]藤井毅,長谷部亮 [49]. Detection of 3-chlorobenzoate degrading bacteria in soil by PCR-DGGE Annual Report of National Institute for Agro-Environmental Sciences / 53-54 (2005年) [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]S. Morimoto [共著者]N. Ogawa,A. Hasebe,T. 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Crystal structure of a full-length LysR-type transcriptional regulator, CbnR: unusual combination of two subunit forms and molecular bases for causing and changing DNA bend Journal of Molecular Biology 328/3 555- 566 (2003年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Toshiya Senda [共著者]Shin Muraoka,Rumi Okumura,Naoto Ogawa,Takamasa Nonaka,Toshiya Senda [54]. The structure and transcriptional regulation of the bacterial degradative genes for chlorocatechols and 2,4-dichlorophenoxyacetate 農業環境技術研究所報告 22/ 1- 61 (2003年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] Naoto Ogawa [55]. 芳香族塩素化合物分解と分子生態解析(総説) 日本土壌肥料学雑誌 73/5 543- 548 (2002年) [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] 小川 直人 [56]. Differential expression of two catechol 1,2-dioxygenases in Burkholderia sp. strain TH2 Journal of Bacteriology 184/20 5714- 5722 (2002年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Katsuhisa Suzuki [共著者]Katsuhisa Suzuki,Atsushi Ichimura,Naoto Ogawa,Akira Hasebe,Kiyotaka Miyashita [57]. Molecular breeding of transgenic rice plants expressing a bacterial chlorocatechol dioxygenase gene Applied and Environmental Microbiology 68/8 4061-4066 (2002年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 共著者 [著者] [責任著者]Tetsuya Kimura [共著者]Masami Shimizu,Tetsuya Kimura,Naoto Ogawa,Kazuo Sakka,Kunio Ohmiya [58]. Burkholderia 属細菌のクロロ安息香酸分解遺伝子群発現の調節因子による制御 農業環境研究成果情報 18/ 10-11 (2002年) [査読] 無 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]小川直人 [共著者]小川直人,長谷部亮 [59]. The chlorocatechol degradative genes, tfdT-CDEF, of Burkholderia sp. strain NK8 are involved in chlorobenzoate degradation and induced by chlorobenzoates and chlorocatechols GENE 268/1-2 207- 214 (2001年) [査読] 有 [国際共著論文] 該当しない [責任著者・共著者の別] 責任著者 [著者] [責任著者]Naoto Ogawa [共著者]Shenghao Liu,Naoto Ogawa,Kiyotaka Miyashita [60]. 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